Generalnie to jest chyba tak, że jak masz te same nazwy plików, to później wrzucony mod nadpisując plik, niestety nadpisuje też zmiany tym plikiem spowodowane - czyli bez połączenia tych modyfikacji w jednym pliku działać obydwa nie będą
Tworzenie różnych katalogów nie ma sensu, bo struktura katalogów w gamedata nie może być zmieniana, a przynajmniej bez stosownych zmian w plikach.