Grałem w Czyste Niebo niedawno (na tym samym patchu) i miałem podobny problem, z tym że ci Wolnościowcy przy przejściu z Wysypiska dodatkowo zaczynali do mnie strzelać gdy się do nich zbliżałem za bardzo, bo ich dowódca za nic nie chciał do mnie podejść. Jedyne co mogłem zrobić to ich powystrzelać - i tak w końcu zrobiłem. Ku mojemu zdziwieniu, nie zepsuło to nijak gry - po prostu pojawił się komunikat, żebym udał się do bazy Wolności i mogłem dalej kontynuować grę
Niestety znikających NPC-ów nie uświadczyłem jak do tej pory więc nie pomogę, ale wspomniane wczytanie wcześniejszego save'a wydaje się rozsądnym rozwiązaniem