OK - na początek uściślijmy:
cienie chmur na ziemi
to nie to samo co warstwa przesuwających się chmurek na niebie - czyli płaszczyzna równoległa do górnej ścianki sky-boxa z wzorkiem definiowanym przez przez texturę dds w parametrze clouds_texture
oraz
4-ta cyfra w clouds_color
to nie to samo co 5-ta cyfra

Skoro już to wiemy, to teraz tak:
Płaszczyzna clouds_texture ma stały kierunek i tempo przesuwania się (a właściwie 'przewijania się w kółko') niezależny od sky_rotation i parametrów wind _ (wind_ za to wpływa na ruchy trawy oraz na kierunek padania deszczu - przy ekstremalnych wartościach deszcz zaczyna padać po skosie - co wykorzystałem dla silnego deszczu i burzy jeśli dobrze pamiętam).
Płaszczyzna ta może być mniej lub bardziej przezroczysta wobec skyboxa (4-ty parametr w clouds_color to właśnie stopień przezroczystości tej warstwy) - stąd zmniejszenie przezroczystości tej warstwy powoduje utratę saturacji i kontrastu przez teksturę skyboxa.
Cienie chmurek na ziemi to całkowicie coś innego - 'rzucane są' przez jakieś niewidoczne obiekty (nie mające nic wspólnego z clouds_texture) i też cały czas 'przewijają się w kółko' (nie ma jednak żadnej tekstury która określałaby wzór tych cieni - są cały czas takie same) - ich kierunek i prędkość przesuwania zmienia się tylko pod wpływem jednej rzeczy: właśnie prędkości i stopnia obrotu nieba definiowanego przez sky_rotation.
Wiem, że wydaje się to kuriozalne, ale tak właśnie jest

Najbardziej widoczne staje się to przy odpowiednim przyspieszeniu czasu oraz jeśli w cyklu kierunek obrotu nieba zmienia się (tak jest w SWO dwukrotnie w ciągu doby).
Polecam zawiesić kamerę wysoko w słoneczny dzień i pobawić się obrotem nieba - efekt natychmiast staję zauważalny.
I teraz do sedna:
Jeśli 4-ta cyferka przy clouds_color to alfa warstwy clouds_texture to czyżby piąta miała wpływ na wyrazistość cieni chmur na ziemi - byłoby to wówczas jedyne powiązanie między warstwą clouds_texture a cieniami chmur - innych powiązań nie ma i są to całkowicie odrębne efekty.
EDIT:Dobra - sorry, wygląda na to, że pomyliłem się z tym sky_rotation

W końcu minęło już ze 2 lata...
(reszta rzeczy jest natomiast prawdziwa)
W każdym razie na pewno ruch cieni ma związek z przechodzeniem jednej fazy pogody w drugą - jest to jakoś tak, pomyślane żeby zmianie fazy pogody towarzyszył też wzmożony ruch cieni na glebie.
Nigdy nie doszedłem jednak do tego jak to kontrolować - lub np w jakiś sposób zsynchronizować ruch cieni z ruchem tekstury clouds_texture (np kierunek) - wtedy przynajmniej jakoś by to wyglądało.